Наиболее пригодными для большинства видов лилий являются достаточно водопроницаемые и с обеспеченным водостоком легкие и среднетяжелые суглинистые почвы. В случае наличия долговременного застоя воды на глубине 40—50 см необходимо обеспечить отвод ее путем устройства дренажных канав с хорошим водостоком.
Участок должен обладать структурным грунтом. Недопустимо засорение участка многолетними сорняками — пыреем, осотом и др.
Вспашку почвы следует производить на глубину 30 см и больше. При подготовке участка для осенней посадки вспашку производят летом или весной; для весенних посадок молодых луковиц вспашку производят осенью. Одновременно со вспашкой вносят органические и минеральные удобрения. Лучшим органическим удобрением для лилий является листовой перегной, который смешивают с хорошо перепревшей дерновой землей. Для приготовления листового перегноя следует избегать листьев ивы и дуба. Дерновая и листовая земли улучшают структуру и повышают плодородие почвы.
Хорошие результаты для большинства лилий дает также внесение хорошо разложившегося навозного перегноя до 80 т/га. Перегной заделывают таким образом, чтобы луковицы непосредственно не соприкасались с перегноем. Перегной навозный и листовой раздельно или в смеси применяется также для мульчирования поверхности почвы. Осенняя обкладка посадок перегноем слоем в 5—10 см служит, кроме удобрения, хорошим зимним покровом, утепляющим почвы.
Необходимо помнить, что применение обильного навозного удобрения вызывает жирование луковиц, затягивает рост, снижает зимостойкость и повышает заболеваемость луковиц и основных корней.
Самые выносливые виды лилий — даурская, тигровая, зонтичная, Тунберга, одноцветная, коралловая и отчасти тибетская, белая и Шовица — прекрасно реагируют и переносят обильное внесение в почву перепревшего навоза и перегноя.
Одновременно со вспашкой вносят фосфорно-калийные минеральные удобрения. Азотные же вносят обычно в начале вегетационного периода одновременно с поливкой из расчета 30—40 г на 10 л воды. Фосфорные удобрения, а в нечерноземной полосе и костяную муку, вносят в количестве до 1 т/га; калийные — вносят в виде калийной соли (до 4 ц/га) или золы (1 т/га).
Разные виды лилий различно относятся к кислотности почвы, поэтому под многие виды необходимо вносить известь, для других же видов наличие извести в почве является недопустимым.
Для лилий Генри, белой тибетской, мартагон, колхедонской, однобратственной, Шовица особенно благоприятно наличие извести в почве, но при достаточном количестве перегноя. Перечисленные лилии, их формы и гибриды на таких почвах реже поражаются болезнями и меньше подвергаются повреждению проволочным червем и слизнями. К этим лилиям для местностей южнее линии Курск — Воронеж можно добавить длинноцвежовую лилию и ее формы, но с хорошим прикрытием на зиму. Лилии же тигровая, даурская, Максимовича плохо удаются на известковых почвах и требуют внесения большого количества торфянисто-перегнойных смесей или лугового торфа.
Лилии пардаловая, канадская, гордая хорошо удаются именно на торфянистых почвах с примесью листового перегноя. На таких почвах лилии тибетская, Саржент, Генри и их гибриды мельчают и гибнут в течение 2—3 лет, если эти почвы заблаговременно не подготовлены внесением извести. Некоторые виды, например белая и колхедонская лилии, предпочитают глинистые почвы с обеспеченным дренажем. В чрезмерно тяжелые глинистые почвы, необходимо добавлять крупнозернистый песок для повышения их воздухо- и водопроницаемости.